Trần Độc Tú sau này bị cho là có thái độ cơ hội hữu khuynh, thỏa hiệp, nhượng bộ. Từ 1924-1927, cuộc chiến tranh Bắc phạt nổ ra và giành được thắng lợi thì Tưởng Giới Thạch tổ chức đảo chính. Năm 1927, Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc họp hội nghị ở Cửu Giang (Giang Tây) đã phê phán đường lối của Trần Độc Tú và cách chức ông khỏi cương vị Tổng Bí thư.

Đến tháng 11 năm 1929, Trần Độc Tú bị khai trừ ra khỏi Đảng. Năm 1932, ông bị chính phủ Quốc dân Đảng bắt giam ở Thượng Hải. Sau khi ra tù một thời gian, ông mất ở Tứ Xuyên vào năm 1942.